Наиболее дискуссионные вопросы противников применения полиграфа в уголовном судопроизводстве:

– соответствие проведения исследований с использованием полиграфа предусмотренной УПК РФ процедуре получения доказательств, а полученных таким образом сведений – форме доказательства в уголовном судопроизводстве (допустимости);

– достоверность сведений, полученных с помощью полиграфа, вероятность ошибок, особенности оценки сведений, полученных с помощью полиграфа;

– этический и моральный аспект применения полиграфа, защита личности от злоупотреблений.